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#1 2019-03-17 22:57:02

raresugar18
新しいメンバ
登録日: 2019-03-17

2019_新Bio-Linuxのアップグレード

みなさま、はじめまして。

Bio-Linuxについてお伺いします。
なぜ「Ubuntu日本語フォーラム」上でBio-Linuxの質問なのでしょうか? 
ご存知の方々も多いと思いますが、Bio-Linuxは基本的にUbuntuベースで、単にDebianをベースとしたOSであるというだけではなく、
カーネルもGUIもUbuntuと同じで、新しくソフトウェアを検索・追加するときも「Ubuntuソフトウェア」を使います。
Bioinformatics(生物情報科学)に特化してはいますが、Ubuntuそのものです。

ただ、残念なことに、2015年に「Bio-Linux 8.0.5(=Ubuntu 14.04)」をリリースしたあと、メジャーアップグレードがないようです。
英語でGoogle検索すると「Bio-Linux 9」がヒットしますが、公式リリースではないようです。
しかし、使っていると、OSのアップグレードを、たびたびせがんできます。
なるべくリスクを取りたくないと思ってこれまで無視してきたのですが、今回OSのアップグレードをしてみました。
結果は成功し、Ubuntu 14.04からUbuntu 16.04へ、無事アップグレードできました。

usr@ubuntu[usr] more /etc/lsb-release                     
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.6 LTS"

すると、さらにUbuntu 18.10へアップデートするようにうながしてきます。
いったい私はどうしたらいいでしょうか?
ご教示いただければさいわいです。

https://distrowatch.com/table.php?distribution=biolinux

オフライン

 

#2 2019-03-17 23:44:38

hellfire
メンバ
From: 日本/兵庫県
登録日: 2006-11-21

Re: 2019_新Bio-Linuxのアップグレード

raresugar18 さん

そのような古いディストリビューションを使うということは解析がメインであるかと思いますが、
そのディストリビューションがインストールされているマシンはネットワークに繋がっていますか?

繋がっていない or 閉鎖されたネットワークであれば、ある程度のセキュリティの不備には
目をつむってそのまま利用することができます。

ネットワークに繋がっているのであれば、アップデート、アップグレードは必須ですが、
16.04 は LTS 版ですので、最新のパッケージを追っているのでなければ、
LTS 版でない 18.10 にアップグレードする必要はないかと思います。
アップグレードするとしても、LTS 版の 18.04 の方が良いかと思います。

オフライン

 

#3 2019-03-18 12:19:56

raresugar18
新しいメンバ
登録日: 2019-03-17

Re: 2019_新Bio-Linuxのアップグレード

hellfireさん、
さっそく有意義なコメント、ありがとうございます。

hellfire による投稿:

そのような古いディストリビューションを使うということは解析がメインであるかと思いますが、
そのディストリビューションがインストールされているマシンはネットワークに繋がっていますか?

はい、解析がメインです。もちろん、ネットワークに繋がっています。
ネットワークといっても、LANは家庭内LAN、WANは普通のインターネット接続です。
なので、家庭内LANについては、セキュリティは自分で設定してあるので、問題はないと思います。

ネットワークに繋がっているのであれば、アップデート、アップグレードは必須ですが

ここでおっしゃっておられる「アップデート、アップグレード」とは、個々のアプリケーション(Google Chrome, GVim等々)のことではなく、OSディストリビューションやカーネルのことですよね?

そのディストリビューションやカーネルのバージョンをアップグレードさせるべきか否か……
まさにそれこそが、私が選択に困っている問題なのです。

2015年リリースの「Bio-Linux 8.0.5(=Ubuntu 14.04)」では、セキュリティやアプリケーションのアップデートなどに問題があるということでしょうか?
Bio-Linux 8.0.5(=Ubuntu 14.04)のバージョンのまま使い続けるのは極めて危険だということでしょうか?

オフライン

 

#4 2019-03-18 12:56:06

hellfire
メンバ
From: 日本/兵庫県
登録日: 2006-11-21

Re: 2019_新Bio-Linuxのアップグレード

ネットワークが閉鎖的であり、状況を理解しているのであれば、OS のアップグレードは必要ありません。

アップグレードするのであれば、稀に、カーネルや解析ツールのアップデートによって、
必要とする機能が削除されていたり、精度が変わることがあるので、それらについては、
検証した上でアップグレードするかどうかを決めたほうが良いかと思います。

オフライン

 

#5 2019-03-18 17:09:15

raresugar18
新しいメンバ
登録日: 2019-03-17

Re: 2019_新Bio-Linuxのアップグレード

 みずからの不勉強を恥じ、その後いろいろ調べました。
UbuntuとAIバイオの両方に関心をもっていて、UbuntuにAnacondaではなくBiocondaをインストールして活用している実例を数多く見つけました。
大別すると次のようでした。

A.     ふつうのUbuntuの場合

1.     Ubuntu最新版で敢えてPython2を使う

「Miniconda には二種類あって、「Python2 用の Miniconda」をインストールすれば修正しなくてもよくなる。このことについては、この文章よりもっと詳細でわかりやすい解説が公開されている。   
http://imamachi-n.hatenablog.com/entry/2017/01/14/212719
biocondaを利用してNGS関連のソフトウェアを一括でインストールする」 Imamachi-n 氏による解説
また、Imamachi-n 氏の解説にあるように、Python のバージョンが異なる仮想環境を作ることもできる。私は Imamachi-n 氏の解説を見て、以下のようにした。

$ conda create --name py27 python=2.7
py27に入る     $ source activate py27
py27から抜ける $ source deactivate py27

[py27] がプロンプトに出た状態で「conda install tophat」とする。py27 を activate した状態では、Python2.7 を使う環境で tophat が動くようになり、エラーは出なくなった。
ソフトウェアをアップデートするときは、「conda update sra-tools」のようにコマンドを打って行う。」
――広島大学教授中川直樹氏の公式サイトより引用。

B.     Bio-Linuxの場合

1.    Bio-Linux8(=Ubuntu 14.04))という古いバージョンを敢えて使う

 Biocondaやほとんどのプログラムやライブラリなどは、「Python2」で動く。デフォルトのPythonバージョンが「2」であり「Python3」では動かない。
Bio-Linuxが敢えてバージョンを上げないのは、Biocondaのデフォルトが「Python2」であることが理由の一つではないでしょうか。
Ubuntu16.04 LTS以降、2016年4月21日、Ubuntu1はPython 3への完全移行をめざす。
だから、Python2でしか動かないものが多いBio-Linuxは敢えてOSのバージョンアップをしないのではないでしょうか。

https://pythonoum.wordpress.com/2018/10/16/linux%E3%81%A7%E3%81%AEbioinformatics%E7%92%B0%E5%A2%83%E6%A7%8B%E7%AF%89_01/
LinuxでのBioinformatics環境構築
大阪大学医学部 Python会

https://www.bioinformatics.org/pipermail/bio-linux-list/2017-April/001129.html
[Bio-linux-list] FW: Upgrading Ubuntu version of BioLinux 8

「Bio-Linux 9を作成するための準備の一部としてではない限り、Ubuntu 16.04にアップグレードすることはお勧めできません。
依存関係の問題の多くを修正し、パッケージなしで行う準備をしているからです。
これは、以下にインストールすることができない古いBio-Linux 8パッケージに依存します。
それらのパッケージがアップグレードされるまでUbuntu 16.04にとどまったほうがいいかもしれません。先に進むことにした場合は、アップグレードの経験を投稿してください。」


 さて、テーマがこのようになってきますと、私は果たしてこのまま、Ubuntu日本語フォーラムの中の「インデックス » インストールとアップデート」というカテゴリーで質疑応答を続けてもいいのでしょうか? それとも、これは「カテゴリー・エラー」で、「デスクトップ向けソフトウェア」とか「開発環境」とか、ほかのフォーラムの方に切り替えた方がいいのでしょうか? そもそもこの「インストールとアップデート」フォーラムはOS(Ubuntu)のインストールとアップデートなのでしょうか、それともOS内の個々のアプリケーションや開発環境のインストールとアップデートも含むのでしょうか?

初心者の初歩的な質問にご無礼があれば、お許しくださいませ。

オフライン

 

#6 2019-03-18 17:36:41

raresugar18
新しいメンバ
登録日: 2019-03-17

Re: 2019_新Bio-Linuxのアップグレード

PS:

#5のような事情がありますので、Ubuntu 14.04への確実なダウングレードの方法も、どなたかあわせてご教示いただければさいわいです。
現状でも使えそうなら、せっかくhellfireさんのアドバイスをいただいて、半日以上の長時間かけてアップグレードしたので、なるべくならダウングレードはしたくないのですが……。

オフライン

 

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