ubuntu 10.10 (64bit) をmacbook pro （late 2008、macbookpro5,1、64bit EFI）の pci express card (32gb ssd、外付けhdd扱い)にインストールしてみました。内蔵hdd (500gb) に既にいくつかパーティションを切っていて、
/dev/sda1 EFI
/dev/sda2 MacOSX 10.6.5
/dev/sda3 hfs+ データ領域
/dev/sda4 Windows 7
となってます。このため、pci express の sdd (/dev/sdb) にubuntuをインストール (/dev/sdb3)しても、option 起動や rEFIt を利用しても、うまく起動できませんでした。
rEFIt は http://refit.sourceforge.net/ からダウンロードできます。

pci express sdd のパーティション
/dev/sdb1 EFI
/dev/sdb2 hfs+ (rEFIt をインストール）
/dev/sdb3 ubuntu10.10
/dev/sdb4 swap
rEFIt を立ち上げると、ubuntuも見えない状態です。しかし、内蔵hddを１パーティションのみにして、MacOSXだけをインストールした状態なら、rEFIt (/dev/sdb2 にインストール）で /dev/sdb3 の ubuntu を立ち上げることが出来ます。それで、EFI boot に挑戦してみました。

http://grub.enbug.org/TestingOnMacbook に従いました。

grub1.99 beta0 のコンパイル
sudo apt-get install bzr autoconf flex autogen bison
bzr branch --revision -1 http://bzr.savannah.gnu.org/r/grub/trunk/grub
cd grub
./autogen.sh
./configure --with-platform=efi --target=x86_64 --program-prefix=""
make
おしまいの方のdocsのところでエラーが出たので、該当箇所はコメントアウトしてコンパイルを完了させました。
コンパイル完了後、
./grub-mkimage -d . -o grub.efi part_gpt hfsplus fat ext2 normal sh chain boot configfile linux

/dev/sdb はGUID でパーティションしてます（OSX のディスクユーティリティを利用）ので、/dev/sdb1 は EFI パーティションになってます。このパーティションをubuntu にマウントします。
sudo mkdir /mnt/EFIDISK
sudo mount /dev/sdb1 /mnt/EFIDISK
sudo mkdir -p /mnt/EFIDISK/EFI/BOOT

上記 grub のコンパイルディレクトリに戻り、コンパイルしたものをEFIパーティションにコピー。
Apple bootloader を使うために、grub.efi は BOOTX64.EFI という名前にする。
cd ~/grub/grub-core
sudo cp grub.efi /mnt/EFIDISK/EFI/BOOT/BOOTX64.EFI
sudo cp *.mod *.lst /mnt/EFIDISK/EFI/BOOT
sudo touch /mnt/EFIDISK/EFI/BOOT/grub.cfg

grub.cfg の中身です。
*******ここから
set debug=video
insmod efi_gop

menuentry "ubuntu 10.10 (with bios dump)" {
     search --set -f /vmlinuz
     loadbios /boot/vbios.bin /boot/init10.bin
     linux /vmlinuz root=/dev/sdb3 video=efifb
     initrd /initrd.img
}


menuentry "ubuntu 10.10 (without bios dump)" {
     search --set -f /vmlinuz
     fakebios
     linux /vmlinuz root=/dev/sdb3 video=efifb
     initrd /initrd.img
}
*******ここまで

この中にある、vbios.bin、init10.bin は
sudo dd if=/dev/mem of=/boot/vbios.bin bs=65536 skip=12 count=1
sudo dd if=/dev/mem of=/boot/init10.bin bs=4 skip=16 count=1
として作ります。

これでoption 起動すると、ubuntu が立ち上がりますが、Xは立ち上がりません。コンソールに落ちます。
そこで、/etc/X11/xorg.conf の

Section "Device"
     Identifier      "Default Video Device"
     Driver          "nvidia"
     BusID           "PCI:3:0:0"
EndSection

のように変更します（BusID の行を追加）。
これでXも立ち上がるようになりました。

このようにして、EFI boot させることができるようになり、最初のパーティションがたくさんある内蔵hddに変えても、option 起動でubuntuを立ち上げることが出来るようになりました。grub.cfg の menuentry は２つありますが、どちらでも立ち上がります。