実際にインストールはしていません。
netbook と desktop のISOファイルに含まれているsquashfsを展開してみました。
/boot配下のカーネルイメージ、設定ファイルは同一でした。
/etc/apt/sources.list はURLに"jp"が含まれているかいないかの違いは有りますが基本的に同じようです。

カーネルが同じと言うことは基本性能は全て同じ。
sources.listが同じということは使用するツールや適用されるアップデートも同じではないでしょうか。
http://www.ubuntu.com/netbook/features#unity

違いはネットブックに特化したツールが初めから入っていることだけかも。
特にnetbookのデスクトップ画面の画像は大きなアイコンのランチャーが表示されている特徴もありますし。
http://packages.ubuntu.com/ja/lucid/ubuntu-netbook

8.10辺りではAtomプロセッサに最適化されているとか、特定のネットブックPCではインストール直後から無線LANが動いたとか有った気がしますが、最近は何も耳にしませんね。