とりあえず、ウィンドウマネージャにMetacityを使っていると仮定します。
（Ubuntu標準のウィンドウマネージャです。EmeraldやKubuntuを使っている場合は異なります。）

多分、現在利用されているMetacityのテーマがウィンドウアイコンのoperationを示していないことが原因だと思われます。
よって、あなたが使っているMetacityのテーマに、iconというoperationを暗示的に示すことで解決できると思います。
http://live.gnome.org/GnomeArt/Tutorials/MetacityThemes#line-244

しかし、私はあまりmetacityのテーマについて詳しくありませんので、これ以上のことは分かりません。
申し訳ありません。