どちらかというとUbuntuというより、WindowsやPuppyの話題を扱う場で聞いていただいた方が良い内容のような気がします。

kuzawa による投稿:

HDDにWindowsXpProSP3、USBメモリにUbuntu10.04にインストールして使っていました。(ここまでは何の問題もありませんでした)

USBメモリを挿さないときはWindowsが起動し、
USBメモリを挿したときはUbuntuが起動する、
という状態でしょうか。
そうであれば、恐らくですが、USBメモリのMBRにGrub2がインストールされていて、PCのBIOSでの起動優先順位設定で内蔵HDDよりUSBメディアが上位に来ているという状態かと思います。
その理解で正しいでしょうか。

以下は、上記の推定が正しいという前提で書きます。

kuzawa による投稿:

また新たに違うUSBメモリにPuppyLinux4.3をインストールした後CDを取り出しシャットダウンしUSBメモリを抜きWindowsXPを使おうと起動しようとすると下記の表示がでます。（WindowsXpProSP3のHDD、PuppyLinux4.3のUSBメモリは起動出来ません。Ubuntu10.04のUSBメモリは起動できます。）BIOSの起動順位はHDDを1stにしてあります。

この時点でHDDのMBRにgrub2(?)をインストールしてしまったものと推測します。

kuzawa による投稿:

error:no such device:4bedff69-324c-4184-bbc9-e4c147f80222
grub rescue>_

自分でも調べてみたのですが下記のように打てば起動できるらしいのですが
(hd0,x)のところをどう打てばよいか分かりません。どこを見ればWindowsXPが入った
HDDか分かりますか？

grub rescue> set prefix=(hd0,x)/boot/grub
grub rescue> insmod (hd0,x)/boot/grub/normal.mod
rescue:grub> normal

また上記の方法が根本的に間違っているのであれば、正しい対応策をお教え願えないでしょうか宜しくお願い致します。

消えて(上書きされて)しまったMBRは戻ってきませんが、Windowsのインストールメディアから、MBRの修復をするのが最善ではないでしょうか。詳しくは下記、
http://support.microsoft.com/kb/314058/ja
などMicroSoftのサポート情報を参照下さい。その後、BIOSの起動優先順位でUSBメディアを内蔵HDDより上に戻して下さい。

この場合はPuppyは起動できなくなるので再インストールするのがよいでしょう。
詳しいことはPuppyのフォーラムなどで聞いていただくのがよいかも知れません。