ubuntu初心者です。
ubuntu9.04をインストールしてopacity analyzerというプログラムを入れたいのですが、

gcc -I/usr/local/pgplot -I/usr/local/uvf_difmap/include -DCOLOR -O3  -c opacity_plot.c
opacity_plot.c:10 から include されたファイル中:
/usr/include/stdio.h:34:21: error: stddef.h: No such file or directory
/usr/include/stdio.h:75 から include されたファイル中,
                 opacity_plot.c:10 から:
/usr/include/libio.h:53:21: error: stdarg.h: No such file or directory
In file included from /usr/include/stdio.h:75,
                 from opacity_plot.c:10:
/usr/include/libio.h:332: error: expected specifier-qualifier-list before ‘size_t’
/usr/include/libio.h:364: error: expected declaration specifiers or ‘...’ before ‘size_t’
/usr/include/libio.h:373: error: expected declaration specifiers or ‘...’ before ‘size_t’
/usr/include/libio.h:489: error: expected declaration specifiers or ‘...’ before ‘__gnuc_va_list’
/usr/include/libio.h:491: error: expected declaration specifiers or ‘...’ before ‘__gnuc_va_list’
/usr/include/libio.h:493: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘_IO_sgetn’
In file included from opacity_plot.c:10:
/usr/include/stdio.h:312: error: expected declaration specifiers or ‘...’ before ‘size_t’
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/usr/include/bits/stdlib.h:138: error: expected ‘=’, ‘,’, ‘;’, ‘asm’ or ‘__attribute__’ before ‘__wcstombs_chk_warn’
/usr/include/bits/stdlib.h:145: error: expected ‘,’ or ‘;’ before ‘wcstombs’
opacity_plot.c: In function ‘MAIN__’:
opacity_plot.c:46: 警告: incompatible implicit declaration of built-in function ‘malloc’
make: *** [opacity_plot.o] エラー 1


といったエラーが解決できません。sudo apt-get install build-essentialはしてみたのですが、それでもうまくいきませんでした。環境変数があってないのでしょうか？