比較的素直な方法としてはシェルスクリプトの中でsedやawkやperlやpythonのスクリプトを呼び出して書き換えるとか、
あまり素直で無い方法としてはシェルスクリプトの中でgrepやcatやechoを呼び出して書き換えるとか、
perlやpythonで設定ファイルを書き換えつつ、メインのプログラムを呼び出す(シェルスクリプトを使わない)方法などが考えられるかと思います。
変更の内容にもよりますが、お勧めはperlやpythonあたりです。

個人的な意見としては設定ファイルの内容は残しておいた方が都合がよいような気もする(プログラム実行時に実行条件を残すのであれば、それで代用できるかもですが)のですが、メインのプログラムを改変して、複数の設定ファイルを読み込み、順次実行するようにするというのもありかとは思います。

こんにちは。投稿者です。
アドバイス頂いた、sedで問題解決しました。
自動で走らせる用のスクリプトにファイル並びにそのダイレクトリごとリネームしてコピー。
そして、そのダイレクトリの中のイニシャルファイルをsedで変更して、プログラムを走らせることができました。
おかげで、一つのスクリプト内で一連の作業が出来ました。
今まで、いちいちファイルを開いて、パラメータを変更保存、プログラム実行としてたので手間でしょうがなかったです。
ありがとうございました。