http://h50146.www5.hp.com/products/desktops/personal/s5300/specs/s5350jp_intel_model.html
でしょうか。仕様を見る限りUSBは2.0までのサポートのようですが、そのあたりは問題無いでしょうか。
後方互換の無いHDDも無いような気はしますが念の為。

割と新しいPCのようですので、USB接続デバイスから起動できないはずも無いと思うのですが、取扱説明書やBIOSの設定画面に見落としが無いか、念の為再確認されることをお勧めします。

それでもUSB接続デバイスから起動できない場合、単純にBIOS設定画面で隠されているだけなのか、機能そのものが無いのかで事情が変わるかと思いますが、grub2からはUSBデバイスから起動できない可能性も考慮された方がよいでしょう。

まずはSuperGrub2Disk
http://www.supergrubdisk.org/super-grub2-disk/
で起動できるか試してみて下さい。

これで起動できる場合、そのままの形で使用されるのも良いかと思いますし、SuperGrub2Diskで起動できるのであればちゃんと設定すればHDDにGrub for dosなどをインストールしてUSBデバイスから起動ということもできるかと思います。ただ、個人的にはMBRの書き換えはなにか起きたときに面倒なのでお勧めはしません。

完全にBIOSにUSBデバイスから起動する機能が無い場合、PLOP
http://www.plop.at/en/bootmanager.html
などを使うことで起動できるかも知れません。
これもCD-Rなどに焼いて試すことができるかと思います。この場合、Grub2はUSB接続HDDのMBRにインストールして下さい。

hmatsue　様

　早速のご教示ありがとうございます。機種はご指摘のものです。この機種には印刷物・CD・インターネット上のいずれにおいてもハードウエアに関してはマニュアルらしきものはありません。問い合わせても、ユーザーはカスタマイズしたものをいじらずに使えというコンセプトのようです（USB3.0用PCI express カードもUSA HPのホームページの修理用の分解図を参考に取り付けました。同時にメモリーも8MBに増設）。起動デバイスはCDグループとHDDグループとありますが、HDDグループには一番目に内蔵ハードデスクしかのっておりません。USB3.0HDDにはWindowsおよびUbuntuからもパーティションが切れますし、ファイルの読み書きに問題はありません。もちろんLive-UbuntuにHDDをマウントして内容を見てみるとUbuntuのファイルシステムが見えます。インストールされていることは間違いありません。
　提示された解決策の詳しい情報はまだ見ていませんが、第一の方法はこの方法で起動できれば内蔵HDDにGRUBをインストールすれば起動できると言うことでしょうか。第二の法はUSBデバイスを起動できるソフトを入れると言うことでしょうか。いずれにしても簡単でなさそうですが、教えていただいたサイトの内容を精査した上で試行してみます。
　今後ともご指導お願いします。

ああ、入れ違いになっちゃった。
前提条件が違うままなんだがなぁ。

すみません。状況を読み違えていました。
PC本体のUSBポートに接続するのだとばかり思っていましたが、USB3.0拡張ボードに接続していたのですね。
#2はひとまず忘れて下さい。

技術的な状況はCrushさんのコメントを参照いただくのがわかり易いかと思いますが、
とりあえず現状で試してみるとよいかな、と思うことを整理してみます。

1. USB3.0拡張ボードにHDDを接続する場合
基本的にはこの状態でUbuntuを起動することはできないかと思います。
できるかどうかは分かりませんがPLOPを使うともしかしたら起動できるかも知れません。
まずはPLOPのISOイメージをCD-Rなどに焼いて、PCのBIOS設定でCDドライブが内蔵HDDより優先される状態にしてPLOPのCDからシステムを起動し、USBデバイスを呼び出せるか試してみて下さい。

2. 本体のUSB2.0ポートにHDDを接続する場合
PCのBIOSでUSB接続デバイスから起動できるか確認し、起動できそうであれば内蔵HDDよりUSBデバイスを優先にしてUSB-HDDからUbuntuを起動させられるか試してみて下さい。

3. 内蔵HDDにUbuntuをインストールしてUSB-HDDはデータ置き場としてのみ使う場合
これは特にUSB-HDDとしては悩むことは無いかと思います。ただGrub2をどこにインストールするかは事前に検討下さい。
# 個人的な好みとしてはgrub2はPBRに入れてEasyBCDなどで設定する方法が好きです。

アドバイスいただいた項目を成功してみましたのでその報告と再度のアドバイスをお願いします。

1. USB3.0拡張ボードにHDDを接続する場合
　PLOPのISOイメージをCD-Rなどに焼いて、PCのBIOS設定でCDドライブが内蔵HDDより優先される状態にしてPLOPのCDからシステムを起動し、USBデバイスを呼び出せるか試してみて下さい。

　結果：メインメニューでUSBを選択した結果、いくつかのデバイスをサーチ後、NO BOOT DEVICE FOUNDとなりました。

2. 本体のUSB2.0ポートにHDDを接続する場合
　起動できそうであれば内蔵HDDよりUSBデバイスを優先にしてUSB-HDDからUbuntuを起動させられるか試してみて下さい。

　結果：BIOSはUSBを認識したのでUSB-HDDで起動した結果、Unknown File Systemのメッセージ後、GRUB RESCUE >のコマンドがでました。lsとすると以下の記述がでました。

　　　hd0 (hd0,msdos2), (hd0,msdos1), hd1 (hd1,msdos3), (hd1,msdos2), (hd1, msdos1)

　usb-hddは認識していないように見えます。１と２の現象からインストールに問題があったのでしょうか。

3. 内蔵HDDにUbuntuをインストールしてUSB-HDDはデータ置き場としてのみ使う場合
　結局この方法を採用することになりそうですが、「Grub2をどこにインストールするかは事前に検討下さい」の意味を教えてください。単純にhda1にインストールすることではだめなのでしょうか。それと内蔵usbに専用の起動用デスクを取り付けてubuntuを起動可能ですか。

　長くなって申し訳ありません。よろしくお願いします。

doragon による投稿:

1. USB3.0拡張ボードにHDDを接続する場合
　PLOPのISOイメージをCD-Rなどに焼いて、PCのBIOS設定でCDドライブが内蔵HDDより優先される状態にしてPLOPのCDからシステムを起動し、USBデバイスを呼び出せるか試してみて下さい。

　結果：メインメニューでUSBを選択した結果、いくつかのデバイスをサーチ後、NO BOOT DEVICE FOUNDとなりました。

どうやらPLoPでは(少なくともdoragonさんが使用されている)USB3.0拡張ボードを駆動できないようですね。
残念ながらUSB3.0拡張ボード経由での起動は無理のようです。

doragon による投稿:

2. 本体のUSB2.0ポートにHDDを接続する場合
　起動できそうであれば内蔵HDDよりUSBデバイスを優先にしてUSB-HDDからUbuntuを起動させられるか試してみて下さい。

　結果：BIOSはUSBを認識したのでUSB-HDDで起動した結果、Unknown File Systemのメッセージ後、GRUB RESCUE >のコマンドがでました。lsとすると以下の記述がでました。

　　　hd0 (hd0,msdos2), (hd0,msdos1), hd1 (hd1,msdos3), (hd1,msdos2), (hd1, msdos1)

　usb-hddは認識していないように見えます。１と２の現象からインストールに問題があったのでしょうか。

少なくとも2台のHDDが認識されているように見えますが、PC本体の内蔵HDDは何台でしょうか。もし、1台であればhd0とhd1のいずれかがUSB接続のHDDのように思えます。
内蔵HDDの台数と、それぞれのパーティション構成、
USB接続HDDのパーティション構成、
USB接続HDDのUbuntuの/boot/grub/grub.cfgの内容をそれぞれご連絡下さい。
# もしかしたらインストール時はUSB3.0ポートに接続して、起動時はUSB2.0ポートに接続
# していることで何か認識の状態が変わったことが原因なのかも知れませんので、一度、
# USB2.0ポートに接続した状態でインストールし直してみるのも良いかも知れません。

doragon による投稿:

3. 内蔵HDDにUbuntuをインストールしてUSB-HDDはデータ置き場としてのみ使う場合
　結局この方法を採用することになりそうですが、「Grub2をどこにインストールするかは事前に検討下さい」の意味を教えてください。単純にhda1にインストールすることではだめなのでしょうか。それと内蔵usbに専用の起動用デスクを取り付けてubuntuを起動可能ですか。

hda1を何の意味で使われているか迷いましたが、
1. HDDは最近のUbuntuではSCSIエミュレーション(?)により、sda, sdbとして認識されます(いつからかは把握できていません)。
2. 通常、sda1というと、sdaの第一パーティションの意味になるかと思いますが、sda1をUbuntu用のパーティションにして、そのPBRにgrubをインストールするという意味でしょうか。
3. sdaのMBRの意(誤記)であるならば、Windowsがプリインストールであったか、リカバリプログラムを呼び出すような特殊なコードがMBRに仕込まれていないか、などを確認の上、MBRを上書きしても構わないという場合にのみ実行してください。
4. 3に書いたようなことを考える/調べるのが大変ということもあるかと思いますので、個人的にはUbuntuインストールパーティションのPBRにgrubをインストールして、Windowsのブートマネージャからチェーンする方がトラブルを起こしにくいと考えています。

内蔵USBというのはPC本体の内部のUSBポートでしょうか。内蔵HDDでUSB接続のものって見たことは無いのですが、おそらくPC本体のUSB2.0ポートに接続している外付けHDDと状況としては同じになるのでは無いかと思います。

hmatsueさん による投稿:

残念ながらUSB3.0拡張ボード経由での起動は無理のようです。

#4でdoragonさんが「USB3.0HDDにはWindowsおよびUbuntuからもパーティションが切れますし、ファイルの読み書きに問題はありません。」と書かれていますので、USB3.0拡張ボード用のカーネルモジュールがinitrdに無い場合は作り直す必要があるが、内蔵HDDにgrub、kernel、initrdを置けばUSB3.0拡張ボード経由での起動は可能と思われるのですが如何がでしょうか。

「起動」の私の解釈はシステムの起動ですので内蔵HDDではないです。

　私がやろうとすることを理解していただくために、その背景を少し説明させていただきます。「長年のunixユーザー」と書きましたが、これはあくまでunix管理者のコントロール下でのWS-unix（sun-os)ユーザーとして、工学上の数値解析（とそのプログラム開発）を行ってきたということです。従ってコマンド操作や最小限の環境設定を知っているだけで、PCハードやLinux構造については全く素人です。しばらくその環境から離れており、自前でその開発環境を整えようと四苦八苦しているというのが現状です。最初cygwinのLinux-like環境でgcc, g95, GPLOT等をインストールして利用してきましたが、64 bitやマルチコア（による並列計算）を十分引き出すには純粋のLinuxを導入した方が良いと考えたわけです。また、巨大マトリックスを操作する必要上メモリー-デスク間のスワップが頻繁に起こるため、最近出始めの高速書き込み読み出し可能なUSB3.0に目をつけたわけです。
　しかしusb3.0インターフェイスカードのマニュアルをよく見ると「接続したusb機器からは起動できません」とあり、usb3.0-hddもfunatogawaさんが指摘したような記述があります。Plop Boot Managerには「BIOSなしでUSB boot 」と記載されており期待したのですが・・・・。実際Plop running中に２つのデバイスにドライバーを組み込んだが削除したというメッセージがありました。usb3.0は認識できなかったのでしょうか。

　このような背景のもとで最良の方法（があれば）教えていただきたいというのがこのフォーラムに投稿した目的です。

　hmatsueさんの問いに対する回答は以下の通りです。
（１）接続HDDの構成とUSB接続HDDのパーティション構成

disc0        /dev/sda1           system  boot
                /dev/sda2           HP(C:)
                /dev/sda3           FACTORY_IMAGE

disc1        /dev/sdb5           HP Pocket Media Drive

disc2        /dev/sdd1           ext4
                /dev/sdd2           linux-swap
disc0は内蔵デスク(600 MB)でwindows OSが占有。disc1はPC本体のドライブベイに挿入されたusb-hdd(500MB)で論理デスクとしてマウントされ、biosからは認識されません。disc2は外付けusb3.0-hddです。

（２）USB接続HDDのUbuntuの/boot/grub/grub.cfgの内容
　ubuntuを再インストールため既存パーティションを削除して、パーティション構成を書き込みapplyを押すとしばらくしてフリーズしてしまいます。windowsで再フォーマットすると両OSで認識しますが、再パーティショニングができません。何故？。従って上記の内容はわかりません。またusb2.0-hddとしてインストールして実行もしていません。

（３）GRUBをhda1にインストールの意味
　雑誌ubuntuの特集記事によるとwindowsドライブを分割してubuntuをインストールする場合、MBRをGRUBに置き換えるような絵になっています。ubuntuを削除するとか問題が発生した場合には修復デスクを使って元に戻すということかと理解しています。もっと安全な方法「UbuntuインストールパーティションのPBRにgrubをインストールして、Windowsのブートマネージャからチェーンする」をもっと具体的に教えてください。

別に謝っていただく必要は無いかと。
ただ、アプローチの方向は、各々違うので、切り分けて行かないと連続して行ったりすると内部の設定がその前の物だったりしてうまくいく物もうまくいかないので、BIOSに手伝ってもらえるなら手伝ってもらう。だめなら、USBを知っているローダに頼んでみる。諦めてデータだけ入れる。根性で更に頑張ってもう一段ブートプロセスを増やして起動する等々。あとは目的は何だっけ？ってことを忘れてはいけないんじゃないかと。USB2.0も「遅くはないが昨今のHDDのシーケンシャル転送速度よりは遙かに下回る」様なインターフェイスです。
どっかのドラマみたいじゃないと嫌なんだ！みたいなこだわりでもないなら、執着する要素はあまりありません。

ただ「基本的にチェインロードはBIOSから見えない物は見えない」ので、（自分が興味ないから調べてないのだけど）内蔵HDDでマルチブートするときのように、Windowsのローダに手伝ってもらうのは場合によってはそこから見えない場所になってしまうことがありますので、USBポートの先が見えるのかどうかは確認した方が良さそうです。BIOSが対応している場合は、手順が内蔵と同じなので、ドライバ制御に切り替わるまで見失わなければ何とかブートできる可能性がありますが、そうなっていないときにWindowsのローダから処理って渡せるんでしょうか？渡せなければ内蔵HDDから渡してやらないといけないので、Windowsの追加設定では処理を渡すのが面倒な気はします。

BIOSからのUSBデバイスの扱いには癖があり、少なくともUSB-FDDはマスストレージでも制御が別なので、その項目は変な仕様じゃなければ使えないはずです。使える可能性があるのはUSB-HDDや、USB-KEY、USB-ZIP辺りです。
また、接続されていない物は対象としないこともあるので、「ささっていない物は使えても認識しない」事もあるので、確認をするなら、接続した状態でメニューをあさると良いのではないでしょうか。
更にZIPはジオメトリが決まっており、これしか想定していない場合、マスストレージとしては見えても、ジオメトリで気に入らないと蹴飛ばすのも居るので、あんまり「できることを前提に期待する」のは難しい気はします。が、手元にあるなら試せるわけですからやってみればわかる訳ですが。
あとは、USB2.0でも、互換モードで転送速度が1.1相当で、コンフィギュレーションで変更できる機種は良いのですが、そうじゃない機種もあるので起動後はともかく、起動時の速度はデバイスの速度以上に遅いことは多々ありますし、起動後もバスに足を引っ張られるので速度は必ず落ちます。
どうしても今の部材を使いたいのなら、USB3.0接続でデータ領域にするべきかなぁとは。

そもそも「速度が云々」と言っているのですから、5インチベイがフルに顔が出ているのなら、そこへ
http://www.novac.co.jp/products/hardware/nv-hd/nv-sr301/index.html
こんなのを付けてやればいいです。裸が怖ければ、ラック付きのもあります。
空きがない、顔がフルサイズで開いていないのなら、
http://www.pc-custom.co.jp/oth05_list.html
こんなので、外にSATAをeSATAにして背面から出してやればいいです。
「USB2.0では起動後だって速度は頭打ちになるのは自明」であって、要件である速度を満たさないのはつっこみどころです。
http://www.iodata.jp/product/hdd/hdd/rhd-ux/
こんな製品を併用すれば、ドライブの扱いも楽です。まぁ、高いので、外付けのeSATAケースに入れるのでも構いませんし、eSATAは挿抜を想定したコネクタのSATAなので、内部増設相当の速度は確保されますし、中に入ってた物を外に出すだけなのですから、「使うドライブを接続する」という実に単純で原始的な方法で確実にシステムを選択、利用することができます。コネクタから電源は出ていないので「箱」が必要になりますが、ラベルでも貼っておけば「間違いようがないマルチOS環境」ができます。その際はUbuntu側のRTCの扱いを変更することだけ忘れないようにはすべきですが。
eSATAは活線挿抜にも対応していますが、今回はシステムの選択な訳ですから、その辺りがどうこうという問題もありません。

少なくとも、USB2.0に足を引っ張られながらパフォーマンスを落とすよりは目的に見合う選択であるはずです。
外付けからのブートにこだわって「わざわざインターフェイスまで買って確保しようとした速度」を捨てるのは目的に対して最適解の気がしません。最初の案に近いことが大事なのではなく、要求された要件を満たす環境の構築のほうが方法論やそれへの執着よりもプライオリティーは普通上です。

という、斜め上からの解ってのは駄目でしょうかね？ｗ
満たさないといけない最上位の条件が、外付けドライブじゃなきゃ嫌なんだってことなら別ですが、それだって「安全だから。安心だから」と思っているなら勘違いです。オンラインな場所にある書き換え可能なデバイスは誤動作、誤操作、事故で平気で書き換わります。
そういう理由を捨てても外付けデバイスからのブートが必要なら、レイヤーを深くしても頑張ってみる価値はあるかも知れませんけれど。

# やはり話を広げ過ぎたのかな。。

別に誰かからアドバイス、コメントが付いたらすぐに返信しなくては、というものでもないと思いますので、いろいろでた案を検討いただいて、またいつでもトピックを再開させていただければと思います。

　フォーラム投稿に不慣れなためご迷惑をかけています。少し頭を整理するため区切りをつけたかったのですが、その後いくつか試して成功したもの失敗したもの試行中などあり、報告したいと思います。
（１）usb2.0にhddを接続しubuntuをインストールすることに成功しました。パーテーションは１テラバイトをubuntuに300GB、windows用FTFSに７００GBを割り当てました。
　この副作用として、HP Pocket Media Drive(USB)への定期バックアップができなくなりました。バックアップの対象からubuntuデバイスを除いてもダメで、デバイスを外すと可能となります。この現象はviewtopic=7439でlightさんが報告しています。ま、これはバックアップのときにだけ接続すればすむのであまり問題ではないです。このバックアップはシステムとデータをisoイメージでストアされるので、多少のリスクはおかすことができそうです（確認済）。

（２）usb3.0に接続し再度Plop B. M.を試して見ましたが失敗。キーボードやマウスがusb接続だとうまくいかない場合があるとありますが、そのせいでしょうか。HP usb-hddは外して試してみました。この方法は諦めます。

（３）最終的に内臓hddにGRUBをインストールして起動しようと考えていますが（失敗しても回復は可能なので）、その前に起動CDを作成し、usb3.0で立ち上げることができるか試してみることにしました。viewtopic=30442におけるkiyoshiさんの方法を試してみました。

#!/bin/bash
mkdir -p usbcd/boot/grub
kernelver=`uname -r`
cp /boot/vmlinuz-$kernelver usbcd/boot
cp /boot/initrd.img-$kernelver usbcd/boot
cp /usr/lib/grub/i386-pc/stage2_eltorito usbcd/boot/grub
rootdevicefilename=`df|head -n 2|tail -n 1|cut -f1 -d" "`
rootuuid=`blkid|grep $rootdevicefilename|cut -f2 -d\"`
cat > usbcd/boot/grub/menu.lst <<EOF
default 0
timeout 5
title USB-HDD ubuntu vmlinuz-$kernelver
kernel /boot/vmlinuz-$kernelver root=UUID=$rootuuid ro
initrd /boot/initrd.img-$kernelver
EOF
genisoimage -R -b boot/grub/stage2_eltorito -no-emul-boot -boot-load-size 4 -boot-info-table -o usbbootcd-$kernelver.iso usbcd

これを実行すると以下のメッセージが出ました。

cp: `/usr/lib/grub/i386-pc/stage2_eltorito' を stat できません: そのようなファイルやディレクトリはありません
I: -input-charset not specified, using utf-8 (detected in locale settings)
genisoimage: Uh oh, I cant find the boot image 'boot/grub/stage2_eltorito' !

たしかに[i386-pc]のホルダーには[stage2_eltorito]というファイルはありません。v.9.04とv.10.10のファイルシステムの違いでしょうか。簡単にファイルを修正できるならば教えてください。また、６４ビットバージョンが関係していますか。

　という段階まで着ています。最終的にusb3.0からカーネルを起動できるよう努力してみようと思います。

crushさん、このPCはコンパクトサイズで、躯体内部は部品がびっしりつまっており配線の様子は外からは分かりません。従って私の力では内部を分解するのは難しいと思われますので、部品を使った外付けは諦めます。現状のシステムで最適解を探します。