USBでもちゃんとSkypeで相手に声を届けることができますよ。でもまずは、マイクからの入力がちゃんとシステムに認識されているかどうか確認したいと思います。

1. アプリケーション「サウンドの設定（gnome-volume-control）」を起動します。起動の仕方は以下のどれかです。
・デスクトップ上部のパネルの右の方にある、スピーカーのアイコンを左クリックして、「サウンド設定」をクリック
・デスクトップ上部のパネルの左の方、システム、設定と進み、サウンドをクリック
・ALT+F2で開く入力フォームに「gnome-volume-control」を入力して実行
・端末で「gnome-volume-control」を入力してエンター

2. サウンドの設定というウィンドウが開きます。「入力」タブに移って下さい。

3. マイクを接続して、発話してみて下さい。「入力レベル」が動いたら、音声がシステムに認識されています。もし動かなければ、「入力の音量」を調整したり、チェックボックス「ミュート」を解除したり、プルダウンリスト「コネクター」を切り替えて試してみて下さい。どうしてもうまくいかない時は、その旨、教えて下さい。

問題が解決したようで、よかったです。

USB接続のマイクに関しては、以下のURLを参照なさって下さい。

第159回　オーディオインターフェイスを使う ― USB/PCIバス/PCI-Expressバス編 @ Ubuntu Weekly Recipe

USBウェブカメラに搭載されているマイクを実例として挙げてますが、これと同じようにして、USB接続のマイクを使うことができるでしょう。