MPEGはいわゆる「コンテナ」で、その中に映像と音声のフォーマットされたデータを格納します。

H.264フォーマット（映像）だけなら、Ubuntu標準のリポジトリでエンコーダ（x264）が入手できるので大丈夫です。ただ、AACフォーマット（音声）を使いたい場合、パテントの関係からUbuntu標準のリポジトリからはエンコーダが入手できないので、Medibuntuを利用する必要があります。H.264/AACを考慮すると、Ubuntuの標準リポジトリからは無理なので、たくさんの方が標準ではないリポジトリの利用を発信されています。

私が思いつくのは、Avidemuxです。映像と音声のエンコーダをを別々に指定することができます。Ubuntu標準のリポジトリから入手できるもので対応する場合、映像をH.264（x264）、音声をMP3(mp3lame)で対応することになると思います。