フィルタを使うことで、差出人やその他様々な指定によって、複数のメールを自動的に別のフォルダに移動できます。
フィルタの定義は「編集」>「フィルタの定義」から行えます。

また、Gmailを使っているなら、GmailのWebページにあるフィルタ設定によっても行えます。