症状は解決していませんが、同じ症状の投稿を見つけました。

下記の2件の方法を試してみましたが、黒いメニューバー（Unityテーマ）に戻すことはできませんでした。
UnityテーマからGnome標準テーマへなってしまったようです。
症状が発生し始めたのは、システム設定-ログイン画面でデフォルトログインセッションをクラシックへ変更後、Ubuntuに再変更してからです。
セッションをクラシックにした時に、ソフトウェアセンタでUnity2Dをインストールしてアンインストールもしました。

ログインセッションでUbuntuを選択するとUnity3Dの初期テーマが選択されなくなってしまった気がします。

同じ症状の投稿
nataliusのデザインがを標準にもどしたい
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=10242
10.10でクラシック表示になる
https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?pid=70210

６．外観の設定で、テーマをAmbianceへ変更する。

Unity2Dがインストールされている状態で、テーマをAmbianceへ変更するとデスクトップ最上部のメニューも初期の黒いメニューになります。