私も細かいところは知らないのですが。。
以下、端末でのコマンド操作です。

alias ls
とやると、
alias ls='ls --color=auto'
と表示されるかと思います。

which ls
とすると、
/bin/ls
とでるかと思います。

念の為、
ls -l /bin/ls
とするとシンボリックリンクなどではないことが判るかと思います。

そこで、
man ls
してlsのマニュアルを参照します。
そうすると、環境変数、
LS_COLORS
や、
dircolors(1)
といった情報にたどり着くでしょう。

man dircolors
して詳細を確認してみて下さい。そして、
dircolors -p
の出力を眺めてみて下さい。

http://www.google.com/search?q=eval+%22no%3Aglobal+default%3B%22 で出てくるスクリプトを実行すれば、色と意味が視覚的に表示できます。