自己レスです。

少し違いました。より正確には「切り替わるアプリとそうでないアプリがある」でした。

例えばですが、違う workspace に gnome-terminal と firefox を配置して
gnome-terminal から firefox への切り替えは可能、逆が不可、でした。

ますます分かりません。

#3では求められている答えと違うようです。
違うワークスペースに例えばWS１にFirefox、WS2にgnome-terminalを配置して、
左側のランチャで、firefoxをクリックすればWS1に、ｇnome-terminalをクリックすればWS２に移動しますが....

funatogawaさん、どうも。

すいません、半分寝ながら書いてたので、かなり言葉足らずでした。

やりたいこと：
Alt + Tab で同じワークスペース内でのウインドウ切り替えに加え、
別のワークスペースのウインドウも含めての切り替えがやりたい。

別に難しいことでも何でもなく、デフォルトでは CTRL + Alt + Tab が上記の動作です。
アニメーションなどを見てもうまく動作していますし、実際フォーカスも切り替わっているんですが、
ワークスペースが切り替わってくれないアプリがあるんです。
前述した gnome-terminal と firefox みたいに。

………

と、ここまで書いてもう一度確認したら

動きました（汗

電源入れ直したからか、理由は分かりませんが

すいません、たいへん失礼しました。

システム設定→キーボードショートカットで、
「CTRL」+「ALT」+「TAB」を探すと、「ポップアップウインドウを使ってパネルとデスクトップ間を移動する」になっていますが、実際に起こることは言葉が持っているイメージとは違うようですね。