そのメッセージは通常インストール時のインストーラが出すメッセージに似ていますし、wubiではパーティショニングツールは使用しません。

と言う事で、何故この様な事になっているのか初めから説明していただく必要が有ると思います。

・Ubuntuのバージョン。
・Windowsのバージョン。
・HDDは容量は幾つで、どのパーティション（ドライブ）にインストール指定したのか。
・インストール先のドライブの容量とCドライブの容量。
・wubiはWindowsを起動した状態でインストーラを起動させます、操作に間違いは無いでしょうか。
・エラーメッセージはどの段階で出るのでしょうか。
・Windows上からアプリケーションの追加と削除から削除いて再インストールすると現象は再現されますか。