解決法ではないですが、これが起こる原因として、
http://support.mozilla.com/en-US/kb/Fir … responding
で説明しています。要はプロファイルファイルがロック状態で使用しているわけですが、firefox が終了すると、ロックが解けます。解けると再起動可能状態になるのですが、その作業中に再び起動させると、表示されるようです。
PCの能力にもよりますので”何秒待て”とは言えませんが、ある程度時間を置けば大丈夫のようです。
「Pen42.4GHZ+2GのメモリーのPC+ubuntu10.04+firefox 3」ではタイミングが合わないと時々出ましたが、コマンド処理をしなくとも、数秒待てば起動できました。firefox3→firefox7で少なくなりましたので、終了処理が高速になったのかもしれませんね。
現在使用している「Corei7+8GメモリーのPC+Ubuntu11.04+firefox7」では今までに起こりません。

早速のご教授いたみ入ります。pcの能力に依存しているとはおもいませんでした。ありがとうございます、気をつけて見てみます。