ps -u user1 でプロセス一覧から PID 調べて、その PID を使って kill PID でどうでしょう

あぁ、ごめんなさい
「/etc/profile.d/以下にkeisoku.shというファイルを作成し」の一文を読み落としていたようです
この方法だと起動ユーザーは user1 にはなりません
確認していませんが、root か無名ユーザーのどちらかになりそうな気がします
このため、#2 で提案した ps コマンドの -u オプションでは見つからなくて当然でした

#3 のように -C オプションを使ってプロセス名を指定するのが最善でしょう

#3 のように ps -C keisoku と実行して、表示されるプロセスが常に一つだけだという自信ががあるなら、sudo kill `ps -C keisoku -o pid=` と一発でプロセスを停止させることも可能です

ry様

ご教示ありがとうございます。

先ほど sudo kill PID で無事停止できたと申し上げましたが…実はゾンビ化している事を分かっておりませんでした。
keisokuは親-子の２つプロセスが起動するため、ps -C keisoku で表示されるプロセスは２つあります。
子プロセスは問題なく消えますが、親プロセスの方は sudo kill -9 PID で消そうとしても、
その後 ps -C keisoku で確認すると、お尻に <defunct> が付いたまま残ってしまいました。

また、ps -ef | grep -i defunct を試した時にroot権限で実行されている事も分かりました。

ゾンビプロセスが残ったままでそれと同じプロセスを再実行するのはあまり気持ちの良いものではなく、
何とか避けられないかと思案しております。

ちなみに、user1の権限で行った場合は、以下のようになりました。
自動実行をやめさせるため、/profile.d/keisoku.sh の中身を全て"#"でコメントアウトしてＰＣを再起動した後、
端末から手動で ./keisoku と実行してから、親・子プロセスの停止を試みたところ、
親の方も sudo kill -9 PID を使えば何とか消せました。

以上から、自動実行がrootではなくuser1によって為されれば、後から手動でプロセスを消せるのでは…と思い、
現在その方法を調べております。

おかげさまで解決できました。

正常に終了できるようにするために以下の方法を採用しました。
/etc/以下にkeisoku.shを作成し（内容は最初の投稿の時と同じ）、sudo chmod a+x keisoku.sh で実行権限を与えます。
デスクトップから、自動起動するアプリの追加を行い、コマンドにはsudo /etc/keisoku.shと記述。
こうすることで、プログラム"keisoku"はログイン後30秒経過してから自動で起動するようになりました。
一般ユーザにより実行されているためちゃんと停止でき、defunct状態（ゾンビ）にはなりません。