たびたびすいません。もうひとつ書き忘れてました。インストールするとき
sudo apt-get install  x2gognomebindings
が失敗するので
sudo touch /etc/xdg/menus/gnome-settings.menu
をしてからインストールしました。

おなじくこの件で困っています。何か進展はありますでしょうか？３２ビット版ではibusを手動で起動すれば
何とか使えましたが、６４ビットでは「インプットウィンドウを選択できません」とかメッセージがでて動きません。

hoary による投稿:

NXサーバーはFreeNXですが、同じ状況です。

11.10へのNXサーバーのインストールは以下の#10を参考にしました。32bitなのでURLは読み替えています。
http://ubuntuforums.org/showthread.php?t=1840679

Windowsのnomachineクライアントからはカスタムコマンドにgnome-session ubuntu-2d を指定してUnity-2Dにログイン。
UbuntuのQtNXクライアントからは（GUIで設定できなかったので）設定ファイルのCustom Session Commandに/usr/bin/gnome-session --session ubuntu-2dを指定してログインしています。
というか、スレ主さんの発言をヒントにQtNXは上記設定をして接続に成功しました。

しかし、ログインに成功してもiBusを有効にすることができません。

・Inputmethodの設定を開こうとすると、iBusデーモンが起動していない旨がでて、起動される。
・デーモンが起動しても、設定したキーを押しても日本語入力とならない。

という状況です。

一歩一歩、11.04時代の機能を取り戻しつつあるものの、いまだにこの11.10へアップグレードしてしまったマシンは漬物石から脱却できません（笑）