jackalope による投稿:

>登録しています
>指定している

これらの具体的な操作内容をお知らせ下さい。

「自動起動するプログラムの編集」ダイアログでコマンド欄に例えば
gnome-terminal --geometry=124x41+52+24
と指定して登録しています。
gnome-terminalは他にも位置を変えたものを後２つ登録していますが、ログイン直後にその通りに配置される確率が非常に低いようです（全く無い訳では無いのがまた良く分からない所ですが）。

さらに細かく言うと、サイズに関しては横サイズは合っているものの何故か縦サイズが毎回指定よりも２小さく"124x39"で開きます・・・