WindowsでもUbuntuでも読み書きできるファイルシステムとしてはNTFS(Windows 98やMeだと無理)やFATがあります。ただ、読み書きできると言ってもUbuntuの場合は有志ががんばって解析した結果、読み書きできるようになったという状態なので、/homeパーティションに使う場合は予期せぬトラブルに遭遇するかもしれません。

それよりも、Windowsとのデータ共有専用のパーティションを別に作成した方がいいんじゃないでしょうか。

/homeはたぶんext3等でないとマウントできなかったと思いますが。