質問の意味があまりに漠然としていて、質問の内容が分からないのですが…
少しでも参考になればと投稿します。

1.ブートUSBとは何ですか？
たぶんUSBから起動できるUbuntuか何かを意味していると思うのですけれども、Ubuntuのバージョンは何なのでしょうか？
USB起動のUbuntuを作成したときのツールは何ですか？
もし、他にもう一台あるのなら、そのパソコンでブートUSBが起動するか確かめてください。ブートCDも同様です。
これらの情報を詳しく書いて質問したならば、たぶん、僕よりも詳しい人が優しく教えてくださると思いますよ。
できたら、お使いのパソコンの機種なども書いた方がいいのではないでしょうか。

2.パソコンがUSB起動に対応していますか？
パソコンによってはUSBフラッシュメモリー起動に対応していない機種もあります。
僕のパソコンはUSBハードディスクからの起動でUSBメモリから起動します。まずはパソコンのマニュアルなどを読んで、このことを確認すべきではないでしょうか。
もし仮に対応していたとして(もちろん、そのブートUSBの設定に誤りがないということが前提ですが）、僕のパソコンはUSBメモリが二つ以上ささった状態ですと、パソコンのBIOSが混乱して、ブートUSBを無視し、ハードディスクから起動します。なので、念のため、パソコンにささっているUSB接続の機器をすべて切り離して、試してみてはどうでしょうか。

3.BIOSの設定は正しいですか？
僕のパソコンは、BIOSの起動設定で、その優先順に関わらず、起動させたい機器をポイントすることで、そこから立ち上がりますが、BIOSによってはその優先順位を一つ一つあげてゆくという操作が必要です。そして、当然のことですが、BIOS設定のページから離れる際にはその選定を保存しなければなりません。

4.fdiskではなくUbuntuのパーティションエディタGpartedを使ってみてはどうでしょうか
もし手元にパソコンで起動できるUbuntuなどのLinuxのLiveCDがあるのならば、パーティションエディタを使った方がfdiskよりも簡単に、しかも確実にUbuntuのパーティションの解除ができますよ。これを使ってみてはどうでしょうか。

操作法は、
UbuntuのLiveCDを起動。
システム＞システム管理＞パーティションエディタ
削除するパーティションをダブルクリック
linux-swapを右クリックして、「swapをオフ」を選択（＊）
linux-swapを右クリックして、「削除」を実行
linuxの本体がインストールされている箇所(ext3かext4)を右クリックして、「削除」
さらにlinuxのために設けた領域を右クリックして「削除」
メニューの編集(e)>「すべての操作を適用」

で、Linuxのパーティションは削除されるはずです。
（＊）「swapをオフ」にできない場合は、アンマウントを選択してください。これで「swapをオフ」にできるはずです。

Windowsではなく、Ubuntuのfdiskコマンドを使ったことがないので、Ubuntuのfdiskコマンドのことはよく分かりませんが、linux-swapのフラッグがオンのままだと、Linuxの本体は消去できたとしても、論理領域linux-swapが残っているので、Linuxのために設けた拡張領域は消去できないはずです。
もし、Windowsのfdiskを使っているのなら、Windowsはextファイルの中を見ることは出来ないので、linux-swapは消すことができません。たぶん、拡張領域の論理領域を調べても、「論理領域はない」と返ってくるはずです。そして、「拡張領域の消去」を選択しても、「論理領域があるので消去できません」というメッセージが返ってくるはずです。

それから、ハードディスク起動のUbuntuで、自分のパーティションを消そうとしても消せないはずですよ、たぶん。やったことがないので、分かりませんが…