caprice_lonelyboy 様へ．

環境により異なりますが，Ubuntu 11.10 (Unity 環境; 左にランチャーがある状態)を
仮定して説明しますと，左のランチャーはランチャーだけでなくウィンドウの状態も示しています．
(左のランチャーが表示されていない場合，画面の左端にマウスを持って行くと表示されると思います)
ランチャーに登録されていない(常に表示されていない)アプリケーションは，
ランチャーの下部に表示されているはずです．

なので，最小化した場合，左のランチャーを見てください．
そこに今まで起動していたアプリケーション(起動中のものにはアイコンの左に印が付きます)が
あるはずですので，それをクリックすれば最小化したウィンドウやアプリケーションを戻すことができます．

私の説明よりも以下の URL の方が詳しく説明されていると思います．
https://wiki.ubuntulinux.jp/UbuntuTips/Desktop/HowToUseUnity

caprice_lonelyboy 様へ．

Ubuntu 10.04 ですか．
であれば，上と下にパネルがあると思いますが，
下のパネルにウィンドウの一覧が表示されませんか？

質問の説明が曖昧でよくわからないです．
できれば，具体的なアプリケーション名とその再現方法を詳しく書いてくれませんか？
また，最小限，最大限はウィンドウの最小化，最大化と受け取って間違いないでしょうか？