Ubuntu 11.10での確認ですが、simutransというパッケージはレポジトリにあるようです。

Ubuntu始め、ほとんどのLinuxディストリビューションでは、ソフトウェアのインストールは基本的にはパッケージ管理システムを用いて行うべきです。
そうすることにより、ライブラリバージョンの不整合や、上書きによるトラブルを防ぎ、最新版へのアップデート(バグフィックスやセキュリティアップデートを含む)を自動で行うことができるようになります。

以下はWindowsでも同様かと思いますが、システムは管理者が操作できる領域と、ユーザが操作できる領域とか明確に区別されます。
普段、管理者権限でログインするのは危険な使用方法になるかと思います。
(メーカ製のWindowsプリインストールPCなんかだとデフォルトユーザがadministratorsグループに所属していたりしてしまう場合もありますが。。)

管理者が必要と判断したものはシステムの共通領域にインストールするのもよいでしょうけど、私個人的の考えとしては、レポジトリから導入できなかったソフトウェアをソースからビルドしたり、バイナリを拾ってきて使用する場合は、ユーザのホームにインストールするのが全うな使い方だと思います。