Zugokkuさん
私も同じ状況になりました。

kiba-dockは使用できませんが、以下の手順でとりあえず復旧しています。

１．kiba-dockをアンインストール
２．Compiz関連をアンインストール後、再インストール

どうしてもkiba-dockを使用したい場合はダメですが、一度お試し下さい。
しかたないので、現在はcairo-dockを使用中です。

私はSynapticマネージャから行いました。
Synapticマネージャからですと、
「compiz」で検索して、関連しそうなモジュールを削除しなければなりません。
追加と削除からですと、同じ状態になるか分かりませんが、
こちらで可能だとすれば、追加と削除の方が簡単にできると思います。

とりあえず追加と削除で実施してみて、
ダメだったらSynapticで削除というアプローチも考えられますね。
ただし、追加と削除ですと、削除されるモジュールが明示されませんので、
もしかすると、再インストールで同じ状態にならない可能性もあります。
この辺りは追加と削除の仕組みを理解していませんのでなんとも・・・

Synapticで削除する場合は、
後で再インストールすることを考慮し、削除されるモジュール名を
控えておくことをお勧めします。