いつもお世話になっています。

色々トピックが立てられている中、
既知の解決方法では解決できなかったので、
質問させて下さい。

標題の通り、アップグレード後WebページがNot Foundとなってしまいます。
さらにはapache reloadをすると設定したはずのDocument Rootが見つかりませんといわれます。

php,iniもapacheもアップグレード時にバージョンアップはさせていません。


既知のトピックで
a2enmod php5をすると
Module php5 already enabled
となります。

php5.confも確認しましたが、
#        php_admin_value engine Off
となっています。

さらにはsites-availableでも↓とドキュメントルートはちゃんと設定されています。
    DocumentRoot /home/*/public_html/
    <Directory />
        Options FollowSymLinks
        AllowOverride None
    </Directory>
    <Directory /home/*/public_html/>
        Options FollowSymLinks MultiViews
        AllowOverride None
        Order allow,deny
        allow from all
    </Directory>

何を調べたらいいのか分かりません。
ご教授願えないでしょうか。