パーティションのマウントは/etc/fstab に記述していますか？
ルートパーティション同様に起動時にマウントされるのでFireFoxよりは確実に先にマウントされます。

/etc/rc3.d にfirefox のリンクを置いて起動順位をs99と最下位にしてみるとか。
もしくはマウントを確認してからFireFoxを立ち上げるスクリプトを設置する。

この辺りを確認すると今よりは状況が絞り込めると思います。

puchizora による投稿:

・各パーティションへのマウントと自動起動するアプリケーションは関係ないものか
・各パーティションへのマウントはいつ行われるのか
・Ubuntuのマウントはどのように行われるのか
・自動起動するアプリケーションの優先順位は変えられるのか

自動起動するアプリケーションがパーティションをマウントする機能を持ったものでない限りはマウントとアプリケーションには直接的な関係はありません。

パーティションのマウントは、システムの起動畤に/etc/fstabの内容に従って行われます。
ユーザレベルでファイルシステムをマウントする仕組みも備わっていて、ユーザが手動でパーティションをマウントすることもできます。
ファイルマネージャからファイルシステムをマウントするというのが、この操作に該当します。
automountなどの特別なサービスを使うことでアクセス時にマウントするように設定することもできます。が、場合によってはマウント完了のタイミングが問題になるかも知れません。

自動起動するアプリケーションというのはユーザレベルでのアプリケーションのことでしょうか。
少なくともGUIで設定できるツールはなかったような気がします。
設定ファイルを手動でいじればできるようになるかも知れませんが、特別な順序を持たせたい場合はシェルスクリプトなどで記述しておいて、それを自動起動で呼びだすのが簡単かと思います。

システムで実行されているプログラムには、システムのサービスとして動いているものと、ユーザが起動したものとがあります。
言葉の細かな定義は存じませんが、アプリケーション(ソフト)という言葉はあまりシステムのサービスには使わない気がします。
/etc以下に設定や起動スクリプトがあるものは、システムの起動するサービスであったり、ユーザが起動する際に、共通で使われる設定であったりします。

puchizora による投稿:

起動されるプログラムはランレベル毎のディレクトリ/etc/rc.d/rc?.d内にある起動スクリプトへのリンク,bashファイルによって起動され,
優先順位はファイル名のS,Kと数字によって決まることがわかりました。

これは以前のシステムのサービス起動を管理していたinitデーモンの名残で残っているものかと思います。
現在はupstartという仕組みで動いていますので、少し状況が異なります。
詳しくは、
http://sourceforge.jp/magazine/08/02/18/0145226
などを参照下さい。

puchizora による投稿:

UbuntuStudioでのメニュー>>システム>>設定>>自動起動するアプリケーションで,
(Ubuntuでは右上のメニュー>>自動起動するアプリケーションであったかと思います)
firefoxを自動起動するアプリケーションに登録したため,自動起動するアプリケーションはユーザレベルでのものだと思います。

どこのディレクトリだったか失念しましたが、これはシステムの起動するサービスではなく、ユーザが起動するアプリケーションで、設定ファイルはユーザのホームディレクトリ以下に保存されています。

puchizora による投稿:

上での方法で登録したアプリケーションも,/etc/rc.d/rc?.d内に配置されるのでしょうか?

上述のように、/etc以下には保存されません。
/etcはシステムの管理領域なので一般ユーザは変更する権限を持っていません。
ただ、GUIが用意されているものについては無理に設定ファイルを直接編集する必要はなく、GUIから追加、削除すればよいかと思います。