おそらく、C言語やその系統のプログラミング言語で、セミコロンの後の改行を自動的に入力させたいということと思いますが、以下の理由により単純な作業ではできないと思います。(ソースコードレベルでの改造が必要なはずです。)

まず、IBusをOFFさせた状態で入力した場合(直接入力モード)、キー入力はMozcを介さずに入力されます。IBusは経由しますが、IBusに文字の割り当てを変更する機能はありません。
IBusをONにしてMozcを経由した場合でも、Mozcのローマ字変換テーブルは改行に対応していないため、入力できません。

また、Mozcを用いて入力できるようにしたとしても、セミコロンの後にEnter/Returnキーを押して改行した方が素早く入力できます。