多分nautilusのグローバルメニューが表示されていると思います。
自分も同じ経験をしました。以下のパッケージを削除することで解決しました。

しかし、最近、nautilusの更新がありましたが、再度表示されるようになりましたので
再インストールすることで出なくなりました。

　sudo apt-get remove appmenu-gtk appmenu-gtk3 appmenu-qt

試してみてください。解決しない場合、簡易的ではありますが以下の方法もあります。

「高度な設定」を起動して、左側「デスクトップ」の

　Have file manager handle the desktop

をOFFにします。

以上です。