8864 様へ．

アプリケーションの設定データは，ホームディレクトリ直下の
隠しファイル/ディレクトリ(ファイル/ディレクトリ名先頭に . が付く)として存在します．

私の経験論から言うと，
昔からの流儀に従ったアプリケーションならば，「.アプリケーション名」という
ファイル/ディレクトリを作っているはずです．
最近は，「.config」，「.gconf」，「.local」，「.gnome2」，「.gnome2-private」以下に
設定ファイルをまとめて入れる仕様のアプリケーションが増えているように思えます．
さらに，「/etc」(システム系ソフトの設定)や「/var」(セーブデータ等)に存在するものもあります．

設定ファイルは，だいたい上記の場所にありますが，
アプリケーションによっては別の所にあるものもあります．
その場合，下記コマンドを使ってアプリケーション名で検索してみてください．

$ sudo updatedb
$ locate アプリケーション名

ちなみに，updatedb は 1 回やれば十分です．


旧バージョンから，これらの設定ファイルを引き継ぐ場合の注意点としては，
アプリケーションの仕様変更に伴い，設定ファイルの書式も変わって，
それがアプリケーションに悪影響を及ぼす可能性があるということです．
大抵のアプリケーションは過去のバージョンと互換性がありますが，
メジャーアップデートや仕様が変わりやすいアプリケーションに対しては気をつけてください．

これで悪影響を受けた場合，該当アプリケーションの
設定ファイル/ディレクトリを削除すれば，大抵は解決できます．