インストール当時は日本語入力ができていた、ということは日本語の言語サポートはインストール済みということでしょうか。パネル上に、キーボードのアイコンが表示されないということは、Anthyではなく、SCIMが起動していないと思われます。im-switchパッケージがインストールされているか、X起動時にim-switchによってSCIMが起動されるかどうかを確認されてはどうでしょう。

scimが起動しているかどうかは、

$ ps -fe | grep scim

の結果を見ればわかります。

また、im-switch -l で、現在日本語周りがどのような設定になっているかが分かります。

それぞれをそのまま貼り付けて頂けると、（状況を推測する必要がないので）スムーズに
解決すると思われます。

どうもありがとうございます。以下のとおりです。
$ ps -fe |grep scim
owner      6165     1  0 Jan14 ?        00:00:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-launcher -d -c simple -e all -f socket --no-stay
owner      6188     1  0 Jan14 ?        00:00:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-helper-manager
owner      6189     1  0 Jan14 ?        00:00:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-panel-gtk --display :0.0 -c socket -d --no-stay
owner      6191     1  0 Jan14 ?        00:00:00 /usr/lib/scim-1.0/scim-launcher -d -c socket -e socket -f x11

$ im-switch -l
Your input method setup under ja_JP locale as below.
=======================================================
The configuration "/home/aoki/.xinput.d/ja_JP" is defined as a link pointing to
scim
This private configuration supersedes the system wide default.
=======================================================
The system wide default is pointed by "/etc/alternatives/xinput-ja_JP" .
xinput-ja_JP -状態は manual。
リンクは現在 scim-immodule を指しています
scim - 優先度 50
scim-immodule - 優先度 0
現在の `最適' バージョンは scim です。
=======================================================
The available input method configuration files are:
default none scim scim-immodule th-xim
=======================================================


システムモニターで確認できるのは
scim-panel-gtk
scim-laucherが２つ
scim-helper-manager
です。
scim,scim-bridgeは見当たりません。

よろしくお願いいたします。

自己解決しました。
https://help.ubuntu.com/community/SCIM
を参考に

/etc/X11/xinit/xinput.d/scim
で

GTK_IM_MODULE="scim-bridge"
QT_IM_MODULE="scim-bridge"

に変更しました。再起動するとscimが立ち上がっておりました。どうもありがとうございました。