いつもお世話になっております、siraseです。

http://download.opensuse.org/repositories/isv:/ownCloud:/community/xUbuntu_12.04/i386/owncloud-client_1.0.3-1_i386.deb

owncloudクライアントを上記 .deb パッケージからインストールしました。
そして、~/.config/autostart/owncloud-client.desktop というファイルの存在を確認。
中身は

[Desktop Entry]
Categories=Utility
Type=Application
Exec=owncloud
Name=ownCloud 2012 client
GenericName=Folder Sync
Icon=owncloud

となっています。

設定→「デスクトップセッションの設定」の、「自動的に開始するアプリケーション」タブに
ownCloud 2012 client という項目があり、それにチェックがついています。

この状態で、OSを起動した際に 右下の常駐アプリケーション一覧が出ている箇所に
ownCloudのアイコンが出て来ません。PidginやDropbox、mozc（ibus？）のアイコンは
出てきています。
pcmanfm から、 ~/.config/autostart/ を開き、 owncloud-client.desktop をダブルクリック
すると、正常に右下に出てきます。なぜOS起動時には出てこないのかさっぱりわかりません。
ただし、アイコンが出てこないだけで

ps auxww | grep own

とかやると、プロセス自体は立ち上がってきています。

以上、どうぞよろしくお願い致します。