環境は違いますが、

https://forums.ubuntulinux.jp/viewtopic.php?id=6344

のseijunさんと同じことになっています。

ATOKのインストールは、下記のでやりました。
http://www.k5.dion.ne.jp/~r-f/sicklylife/memo/ubuntu1204/setting_and_install.html#atok_in

私はかな入力なので、解決策があればお願いします。