jigiug999さん　はじめまして。

私もiPodのプレイリストには苦労していて、RhythmboxでもBansheeでもうまく行かず、gtkpodを使っています。
（当方、ubuntu12.04　iPod nano第4世代 8GB）
gtkpodの使い方は、gtkpodを起動してからiPodをつなぎ（デスクトップ上のアクションの確認が表示されたらキャンセルしてください）
初回接続時は、iPodの種類を聞かれるので、自動検出結果のままで大丈夫だと思いますので、OKしてください。
（違った場合は、リストから選択できます）
あとは、iPodのタグを選んで、メニューのMusicからAdd Playlist でプレイリストを作り、iPodのタグから曲を
左ペインのプレイリスト名称のところへドラッグアンドドロップするだけです。
左ペインのプレイリストを選択すれば、プレイリストの中身が表示されますので、曲順変更できます。
iPodマークのアイコンがアクションのセーブですので、iPodの接続解除前にクリックしてください。

ただし、gtkpodは良くクラッシュします。
また、12.04以降、iPodの既存プレイリストを見ると、曲順が逆転しています。
（いじらなければ変わらないけど、触ってしまうとiPod上も逆転してしまう）

あと、RhythmboxとかBansheeにiPodを接続すると、
次回gtkpodに接続した時に、エラーが出ます（DBファイルが書き換わってしまう？）
また、BansheeにiPodを接続すると、iPod上のプレイリストがABC順に並び替わってしまいます。

私は、BansheeでiPodを接続せずにCDのリッピングをして、
gtkpodでのみiPodを接続しています。