EPMでフォーマットできなかったのにWindowsが「消える」というのはおかしな話ですね。
起動中にCドライブは確かに消すことはできませんし。
もしかすると「消えた」のではなくブートローダに何か異常があって起動できなくなってしまっただけではないのでしょうか？
もしそうならCドライブであるパーティションにWindowsのシステムデータが残っているはずです。
Cドライブ分のパーティションが残っているためにインストール時に「空き容量が無い」と言われるのかもしれません。(Dドライブ分空きがあるのに「空き容量が無い」と言われる部分が気になりますが)

Windwosを復元する必要が無いなら、UbuntuをLiveCDなりUSBなりで起動し、インストーラーで「ディスクを削除してUbuntuをインストール」を選択し、インストール先HDDを選択してインストールすると良いはずです。

インストールしようとして「空き容量が無い」と言われて先へ進めないようならば、インストーラー起動時に「Ubuntuを試す」を選んでからGpartedというソフトを起動して、インストール先HDDのパーティションを全削除するれば空き容量を確保できるでしょう。

$ sudo fdisk -l

で、接続されている記録媒体が全て表示されるはずですが、そこでsda(ブート中のUSBメモリ)以外は表示されないということでしょうか？
もしそうならHDDが壊れているとか接続されていないとかしか私には思い付きませんが…。

Gpartedでの方がfdiskよりわかりやすいかもしれませんね。