hitoさんが書かれている通り、現行の新IPAフォントライセンスでは、Ubuntu正規の配布物に含めることは不可能です。
また、今後ライセンスが変更されてクリアになったとしても、ファイルサイズの問題で正規のインストールCDには
入れることができない可能性もあります。

Japanese TeamのインストールCDにIPAモナーフォントと東風フォントの両方を入れてあるのは、hitoさんが
書かれている通りオリジナルの環境と互換性を取るべきだと考えているためです。ubuntu-desktop という、
Ubuntuのデスクトップシステムに必要なパッケージをまとめてインストールするためのパッケージが東風フォント
に依存しているため、取り除くと影響が大きすぎるという理由もあります。

また、IPAモナーフォントがデフォルトとなっているのは、広く使われているWindows XP以前の環境と同じ文字幅
のフォントを採用したほうが、違和感なく利用できる方が多いと思われるためです。現在、このフォントには縦書きに
対応していないという問題がありますが、近々改良したバージョンに差し替えることができる見込みです。

なお、http://japan.cnet.com/news/ent/story/0, … 695,00.htmによれば、
IPAフォントが改変を許可するライセンスに移行する可能性もあるようです。これが実現すれば、東風フォントに代えて
IPAフォントおよびIPAモナーフォントをUbuntuのmainに入れるよう働きかけることも可能になると思います。