すいません、書き直します。

自作PCであれば複数HDDの搭載可能と思います。大容量のHDDに異なるOSをインストールして運用するのはメンテナンスの面で不都合が生じると思います。この際Windows、Ubuntuに夫々高速（10Krpm）74または80GBのHDDを用意しデータドライブとして2TBを
割り当てる構成にされるのを推奨します。
推測ですが今回のトラブルは2TBの容量にあるような気がします。

UEFIなマシンがないので確認できないのですが、できるだけハードウェアを単純化して切り分けてみたらどうでしょう。

余計なHDDをはずし、一台のみを接続し、Ubuntuを普通にインストールしてみる。
これで、起動するのでしょうか？

"missing operating system"だと、「誰が」それを吐いているのかは気になるところです。
Vista辺りまでのMicrosoft謹製のMBRにあるローダにはこの文言が含まれていた筈ですし、BIOSベースのシステムが文句を言うとすれば、"DISK BOOT FAILURE"とか、"Invalid system disk"とか、NICのブートROMが起動できるシステムをネットワークに探しに行ったりすることが多いんじゃないかと思います。
GRUBにも同じ文字列が含まれているのなら、そのメッセージを持って、MicrosoftのMBRにあるローダとはいいづらいのですが、MBRがロックされていて書き込めていない（BIOSベースのシステムなら、Virus Warning等の項目だったり、ほかの項目であることもあります）などの要因や、複数台HDDが存在すれば、インストール先が間違っていたり、UEFI/BIOSが呼び出してる場所が違ってる可能性もあります。
MBRに起動可能なコードがないと起動できませんし、少なくともチェーンローダが存在しないとパーティション内のコードが起動できません。

また、拡張領域ではなく基本領域にインストールしてみてどうなのか？も確認していただきたいところです。
論理領域は、特殊な場所なので、基本領域のほうが多くの環境で動作する傾向にはあります。

いろいろ試されていると思いますので、重複することもあるかもしれませんが、作業と、結果が対になっていないと、状態としては不定になってしまうので、現象から原因を探ることは難しくなります。
以前2TBのHDDに単体でインストールしたときは、GPT形式でパーティションが切られていましたが、明示的にMBR形式にしても、GPTのままでも、きちんと起動することは確認しているので、インストールの前提にかかわらず起動できてもよさそうには思うのですが…。

>・また、現在使用中のHDDを取り外し、新しく買ったHDDのみをマザーボードにつけてインストールしてみましたが、”missing~"という同じ状態になりました。
これは、インストーラの初期値を使ったのでしょうか？
明示的に、HDDや、インストール先のパーティションを指定していれば、また話が変わってしまいそうですが。
また、新しく買った上で、買った状態で「作業をした(もしくは、ゼロフィルしてある）」のか、そうじゃないのか？という問題もあります。Windowsをインストールしていれば、標準のブートコードが書き込まれた上で、BIOS設定では書き換えが禁止されていて、GRUBが上書きされていないということも考えられるように思います。少なくともWidowsのインストーラが書き込みに成功していれば、それがメッセージを表示している可能性もあります。
マザーボード側のブートコード部分の設定含め、確認してみてはどうでしょうか？
書かれたとおりの順番で、新しいHDDが、一度Windows7をインストールの上、パーティションの開放/削除を行い、Ubuntuを入れたのなら、GRUBが、書き込めないという状況でも、書かれている状況は再現しそうに思います。

ブートフラグがない場合は、起動対象としないという動作をするBIOS/UEFIもあるようなので、もし、ブートフラグがどこにもないようなら、どこかに立ててみる（GRUB/GRUB2はフラグを見ないはずですが）というのも試してみるべきことかもしれません。

>・windowsをsdb1にインストールし.sdb5にubuntuをインストールしている場合は、"missing~"は出ませんが、grubは起動せず、windowsが直接起動します。
この辺りもまた、MBRに存在しているコードが、Windowsのそれなのではないかと思うゆえんなのですが。