Ubuntu 13.10 remix で、ユーザディレクトリでcgiが動作しません（32/64ビット版ともに）。
Forbidden と表示するだけです。なお、HTMLとPHPは動作しています。

設定は下のとおりです。ちなみに、ubuntu 12.04, 12.10, 13.04 では同じ設定で動作しています。

１ cgiプログラム mycgi.cgi を作成する

   ~/public_html/cgi-bin/mycgi.cgi

２ パーミッションを設定する
   
   ~             755（初期値のまま）
   public_html 701
   cgi-bin     701
   mycgi.cgi   700

３ apache2 をインストールするインストール

   sudo apt-get -y install apache2 php5 libapache2-mod-php5
   sudo apt-get install apache2-suexec-custom

４ 設定ファイルを編集する

  (1) /etc/apache2/mods-available/mime.conf を編集する

　　  下の行のコメントマーク # を外す
  　 # AddHandler cgi-script .cgi


  (2) /etc/apache2/mods-enabled/userdir.conf を編集する

     (a)(b)行のようにコメントアウトし、(c)(d)行を追加する。

     (a) # AllowOverride FileInfo AuthConfig Limit Indexes
     (b) # Options MultiViews Indexes SymLinksIfOwnerMatch IncludesNoExec

     (c) AllowOverride All
     (d) Options ExecCGI

５ サービスを起動する

   sudo a2enmod userdir
   sudo a2enmod suexec
   sudo service apache2 [re]start

以上　h25.11.12。