インストールする(make install)ということは実行ファイルを /usr/bin に、
マニュアルを /usr/share/man になど必要なファイルをそれぞれの適切なディレクトリに
配置します。（ですから管理者権限が必要です。）

したがってアンインストールするにはそれぞれの（システム領域に配置されているかもしれない)
ファイルを削除しなければなりません。

そのために install と言うターゲットが準備されている makefile なら、uninstall というターゲットが
準備されていたかもしれません。uninstall が準備されていたとすると、そのディレクトリで、
make uninstall を実行する迄は、そのディレクトリの makefile は必要だったのです。

./configure に prefix オプションを指定しなければデフォルトでは /usr/local が使われると
思うので、/usr/local/bin/ などに motion の実行ファイルや desktop ファイルが残っているかもしれません。