自作PC上のWindows7(64)をホストOSとしたVirtualBoxで、Ubuntu12.04LTSを動かしていたのですが、
Ubuntuがシャットダウンできなくなりました。
ログアウト及び再起動は問題なくできますが、シャットダウンしようとすると、VirtualBoxが異常終了し、
VMマネージャー上では常にUbuntuが中断の状態になってしまいます。
中断にはなっていますが、その状態で再び起動する上では特に支障はありません。

経緯としては以下の通りです。
１　VirtualBox 4.3.8にアップデートしてから、UbuntuがUnity2dでしか起動しなくなった
２　VBoxGuestAdditionsをずっとアップデートしていなかったので、アップデートした
３　状況は変わらず、VirtualBoxを4.2.22にダウングレードした
４　Unity3dは起動するようになったが、上記の通りシャットダウンができなくなった
５　VirtualBox4.3.10がリリースされたのでアップデートした
６　併せてVBoxGuestAdditionsをアップグレードした
６　Unity3dは起動するがシャットダウンできない状態は変わらず
VirtualBoxの問題なのか、Ubuntuの問題なのか特定できないので、こちらで質問させて頂きました。

PCのスペックは以下の通りです。
CPU Core i5-2500K
メモリ 16GB
グラボ RADEON HD6800 CFX

VirtualBox上での割り当ては以下の通りです。
メモリ　2GB
プロセッサー　2
ビデオメモリー　27MB
アクセラレーション　3D
ストレージコントローラー　SATA 0　Ubuntu.vdi(20GB)

ホストOS及びVirtualBox本体はSSDのCドライブに、領域自体はHDDのDドライブに確保しています。

尚、VirtualBoxのログビューアーでは、残っているどのログも最後は以下のように終わっています。
00:04:01.284547 ************** End of Guest state at power off ***************
00:04:01.331796 PDMR3PowerOff: 47 235 361 ns run time
00:04:01.331834 Changing the VM state from 'POWERING_OFF' to 'OFF'.
00:04:01.332982 Console::powerDown(): A request to power off the VM has been issued (mMachineState=Stopping, InUninit=0)

Windows7のデバイスマネージャーでは特にハードウェアやドライバー関係のエラーは見受けられません。

このような終了状態で放置していても、ファイルシステムに何ら問題は生じないでしょうか。
また、解消することが必要なら、どのような方法が考えられますでしょうか。