単純に「error malformed file grub」でググっただけですが、
https://forum.manjaro.org/index.php?topic=10354.msg103449#msg103449
に似た現象のような気がします。

Ubuntuに限らずLinuxデスクトップは意外なトラブルが発生することが多いですね。コレを解決していくことでスキルが身についていくものだと思い、気長？に試行錯誤をしております。

torisan様、お疲れ様です。

確かにWindowsやMacの市販OSに比べて、Ubuntu/Linuxはトラブルの発生が多いかもしれません。

WindowsやMacもバグやトラブルが全く無いわけではないですが、高い代金を取ってる以上、極力発生しないよう企業努力に

務めているということでしょうか。つまりは企業の存命に係ることなわけですから。

かたや、Linux群団は（無料ではないものがあるという意味において/一部を除いて）

全くのオープンでフリーなディストリビューション群ということで、GPLとかOSSとか一定のルールに従えば、

変更も使用も自由で、自分で造ったものは公開や頒布さえもできるという、

まさにオープンでフリーな、アクティブでドリーミーなFLOSSの世界な訳ですので、

思わぬバグやトラブルを踏んでしまうということは、大いにあり得ます。

WindowsやMacは、安定性を求めるあまり自由をないがしろにしています。

Ubuntu/Linuxは、自由であるがゆえに時にバグを踏むことがある。

ということなのではないでしょうか。

この思想（哲学）の違いを認識し、ステキなUbuntu/Linuxの世界を「気長に試行錯誤」され、

大いに楽しまれんことを心よりお祈りいたします。　　以上勝手ながら、謹んで。

　Linux初心者です。色々なUbuntu系OSを試していて悪戦苦闘中です。
Kubuntu14.04で全く同じエラーが生じましたので、本来は別フォーラムかもしれませんが、参考になればと思い投稿させていただきます。（フォーラムのことも初心者なので）

　当方はMBMをMBRにインストールし、各OSのBoot Loader（全てLinuxなのでGrub2です）をPBRにインストールするマルチブート環境で使っています。
この場合、Linuxインストール直後にGrubアップデート先を自身のPBRに変更する作業が必要です。
そうでないと、Grubがアップデートされる際にMBRに上書きされてMBMが消えてしまうからだそうです。

　インストール後の初回再起動の際に
　　エラー：　malformed file
　　続けるには何かキーを押してください
と、torisanさんと同じエラーが現れ、しかし起動や動作は正常にできる、という全く同じ現象でした。
　起動後、上記のGrubアップデート先を自身のPBRに変更する処置を行い再起動すると、エラーは完全に消えました。
その後各部のカスタマイズやアップデートを行いながら、何回か再起動を繰り返しましたがエラーは出ず、全く正常でした。
　ところが、「Kubuntu restricted extras」と「VLC」をインストールして、市販DVD-Video を視聴可能にして再起動すると、またあのエラーが出て来てしまいます。
そこで初回と同じようにGrubアップデート先をPBRに変更する処置を再度行うと、エラーは消えます。

　私は初心者なので、当方で起こった現象をそのまま書いただけで、真の原因は何か、真の解決法は何かまでは分かりません。ちなみに「/etc/default/grub」ファイルを色々いじってもダメでした。
「Kubuntu restricted extras」と「VLC」のインストールが本当に原因の１つなのか？　何らかの別の原因が隠れていて、ソフトのインストールはただの偶然だったのか？　等々不明です。
いずれにしても、Grubとそのアップデートの不可解な動きが関わっているような気がします。Grubを環境に合わせて正しくセットアップし直すことが解決につながるのではと思います。

　MBM環境限定ですが、Grubのアップデート先をPBRに変更する方法は,下記を見て行いました。
　　http://wikiwiki.jp/disklessfun/?grub2_and_grub1#additional_work