suma_8801 さん、初投稿ですね。いらっしゃいませ。

自分はいくつかのサーバで Webmin 利用を行っていましたが、
数年利用してアップデートでのトラブルは今まで経験した事はないです。

むしろアップデートは行って最新状態を維持して下さい。
その多くはセキュリティに関連した更新だからです。

http://jp.webmin.com/taxonomy/term/6

つい最近ありました。
パッケージをアップデートして再起動したらいきなり今まで使っていた「Transmission」が起動しなくなりました。
起動させようと

# sudo /usr/bin/ transmission-gtk

を実行すると、
「申し訳ありません。Ubuntu 12.04で内部エラーが発生しました」
が出てしまい、起動しません。

これ以前の状態にダウングレードできないんでしょうか？
それとも俺の操作方法が間違っていますか？
教えてください。