追加の情報です。
半分あきらめながらもサクラのキーバインドをいじっていたら、キーマクロの記録にCTRL+HOME、実行にCTRL+ENDを割り当てた場合は普通に使えることがわかりました(記録と実行は逆でもOK)。
ただし、これにSHIFTやALTを加えてSHIFT+CTRL+HOMEのようにするとダメ。
同様に、CTRL+PAGEUPやCTRL+PAGEDOWNはいけるのですが、そこに余計なキーを加えるとやっぱりダメでした。
どんなキーならいけるのか、あらゆる組み合わせを試してみる根性もないので、正直、なんとも言えないところではあるのですが、おかしいなりに無反応ではなかった例としていうと、CTRL+F11でやってみたら、いきなりサクラのウィンドウが最大化しちゃったとか、geditのmacropyを真似てALT+CTRL+Mでやってみたら改行しちゃったなんてことがありました。
CTRL+Mでの改行とかF11での最大化とか、ある意味では正しく機能していると言えなくもないのかもしれませんが、なぜCTRL+[とかではダメなのかとか、やっぱりよくわかりません。

結局、誰にも相手にしてもらえませんでしたが、一応、最後に補足的な報告をしておきます。
試しにキーボードの設定をいじってみても、設定したキーアサインが使えない場合があることには変わりありませんでした。
今使っているキーボードは109キーから右winキーを除いたタイプで、キーボードの設定は普段はただの日本語ですが、109Aでもかな86でもどっちでもダメでした。というか、むしろ変な症状が増えてしまったり。
結局、設定が有効になるキーアサインでどうにかやりくりするしかないようです。