画面の右側が新しい画面で描画されて、右側が重なったように表示されてしまい困っています。
２画面でクローン表示をして、右側の画面が左側の画面に重なってきたような感じです。
文章では伝わりにくいかと思います。以下の画像のようになります。


画面の表示は重なっているのですが、マウスの操作としては、重なりが無視されています。
具体的には、ウィンドウとしては右側の部分も認識されており、ウィンドウを右側に持っていくことは可能です（右側では、ウィンドウは表示されません）。
ウィンドウの隠れてしまっている部分をクリックすると、該当のウィンドウにフォーカスは移ります。
右側に表示されているメニューのアイコンは、クリックしても反応しません。
したがって、表示だけが重なったようになっており、マウスの操作としては、正しい座標位置を取得出来ているような現象になっています。

ubuntu 12.10 で使用していた時は現象は発生していませんでした。
先日、12.10 → 13.10 → 14.04 とバージョンを更新（アップグレード）したところ、現象が発生するようになりました。
（更新時に幾つかエラーが出ましたが、内容は失念してしまいましたが、直接影響しそうなものはなかったと思います・・・）

＜環境＞
UbuntuをVmwareで実行しています。
ホストＯＳ：Windows7
ゲストＯＳ：Ubuntu 14.04
モニタは、1280×1024 です。（Windowsでは正常に表示されています）

Vmwareの問題かもしれませんが、現象の発生がUbuntuのアップグレードを境に発生しているため、こちらで質問をさせていただきました。
なお、xrandr コマンドでは、正しい解像度（1280×1026）として認識はされているようです。

確認すべき内容等、ご教示をお願いします。