レスがつかないようなので！
解決できるかわかりませんが、強力なメディアプレーヤー XBMC はいかがでしょうか。
一度解説ページで研究されてみたらどうでしょうか。
http://zigsow.jp/portal/own_item_detail/251429/
http://ubuntu.firebird.jp/archives/3897

Kouji Tanaka様、
Mnagaと申します。

だいぶ時間が経ってしまいましたが、Kodiというプレーヤーをご紹介頂きありがとうございます。
まだテストはしていませんが、今後検証いたします。

さて、GStreamer関連についてしばらく調べたことについて一応まとめておきたいと思います。
最初の検証でとりあげたRhythmboxとNightingaleでは、両者で使われるGStreamerの
バージョンが異なっていると思われます。
Rhythmbox GStreamer 1.0 ?
Nightingale GStreamer 0.10
この違いが、Rhythmboxで再生できたALACがNightingaleにて再生できない原因でした。
また、lubuntu14.04.1上のGStreamer 0.10でALACを再生するにはffmpegのプラグインが
必要ですが、標準のリポジトリではすでに提供されなくなっているようです。
しかし、下記のパッケージをダウンロードすることでインストールが可能です。
wget https://launchpad.net/~mc3man/+archive/ubuntu/trusty-media/+build/5803642/+files/gstreamer0.10-ffmpeg_0.10.13-5ubuntu1%7Etrusty2_amd64.deb

このパッケージをインストールしたところ、NightingaleでもALACを再生することが可能となりました(WMA Losslessは不可)。
WMA losslessについては、ffmpegのプラグインをインストールしてもGStreamer 0.10では再生できませんでした。
下記コマンドベースでもコーデックが見つからないということで再生不可でした。
gst-launch-0.10 playbin uri="file://hoge.wma"

WMA Losslessを考慮するとGStreamer 1.0系を使用するプレーヤを選択する必要がありますが、最初の投稿で書いたとおり、
コマンドラインツールでの再生は可能なのにRhythmboxでは取り込めない＆再生できないという状況です。

そこで、試しにLubuntuではなくUbuntu 14.04.1環境を構築しRhythmboxへWMA Losslessのインポートを試行したところ
成功しました(各種コーデックのインストールは予めおこなっています。)。
デスクトップ環境の違いくらいしかないと思われる環境で、どうして結果に差がでるのか不思議でなりません。

以上が2週間程度調べ検証した内容です。
もしどなたか解決方法がお分かりになるようでしたら宜しくお願いいたします。