ブックマークは ~/.config/gtk-3.0/bookmarks にあるので、
それをテキストエディターで編集してみてはどうでしょうか。

ysato による投稿:

先日、マウスを移動しているときに、間違って「サイドバー」の「場所」から「ダウンロード」を移動してしまい、

私の環境では14.04でも14.10でも、「場所」の所にあるのはマウスで移動させることは出来ないですね。

Linux PC 『LinuxMania』 に問い合わせたところ教えていただきました。

端末に次を入力して、

xdg-user-dirs-update --set DOWNLOAD "$HOME/ダウンロード"

ログアウト後、ログインしたところ、サイドバーの「場所」に Download が現れ、「ブックマーク」から消えた。
これで解決です。

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解決する前の不具合として、 Chome でファイルをダウンロードした場合、ダウンロードディレクトリに保存されない症状があった。
これも解決した。