はじめまして

私も初心者なので答えになっているかわかりませんが、Wineで使用される　EXEファイルは　通常

home/.wine/drive_c/Program Files もしくは　home/.wine/drive_c/Program Files(x68)　の中にフォルダを作って入れます。
（インストーラーがある場合　このどちらかに入っているはずです）

注意　
.wine のフォルダは隠しフォルダなので、ファイルの　（表示）　＞　隠しファイルを表示　でhomeの中に表示されます

通常？は、ディスクトップ上にアイコンを用意して　

コマンド
env WINEPREFIX="/home/ユーザーネーム/wine" wine "/home/ユーザーネーム/.wine/dosdevices/c:/Program Files (x86)/hogehoge/hogehoge.exe"

アクセス権　
プログラムとして実行可能　にチェックを入れる

と記述すれば、アイコンをクリックしてexeファイルを起動させることが出来るはずです。（ユーザーネームは適切に変更して下さい）

アイコンはどうすればよいか私は知りません。（現在使用しているアイコンは　古いubuntu からコピーして使っているので）すみません。

これで答えになっているでしょうか？

私の環境は　Ubuntu　14.04　６４Bitです

minatoさん　ご丁寧な　ご教示　ありがとうございます
ubuntuで進まないのでMintを別途にダウンロードしたところ、問題なくスムーズに解決し、目的が果たせましたので、Mintに切り替えました。
通常の処理の流れの結果で、デスクトップ画面でメニュー～プログラムファイルまでの操作とコピー＆ペーストが簡単にできました。
（なを　ご教示いただいた同日　ubuntuの退会手続きしておりました、再度　入会の上の、この返信となり、遅くなり申し訳ありません、また　ご教示の内容で確認するために、再度ubuntuの処理を、実行しましたが、今度はwineのインストール時点から、アーカイブ読み取りできない、のエラーで問題が生じました、解決のための努力すべきとは思いますが中止させていただきます、お手数煩わし申し訳ありませんでした）