はじめまして。
私も詳しくないのであまり力になれませんが、気になることが幾つかありますので確認ください。

> 11月20日前後にアップデート〜
何のアップデートをなさったのでしょうか。
そのアップデートの際にエラーなどはありませんでしたか？
ご利用のUbuntuやvirtualboxのバージョンなども記載してはいかがでしょう。
また、ご利用のvirtualboxは https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads から
ダウンロードしたものでしょうか？
どこから入手したものか記載しておくと良いと思います。

> virtualbox-4.3.10〜
新しければ良いというものでもありませんが、アップデートした割には若干古いような気がします。
virtualboxはアップデートの対象外にしているなど、何か特記事項などがあれば記載してはいかがでしょうか。

> Location: '/home/user_name/.config/VirtualBox/VirtualBox.xml
恐らく、「/home/user_name/.VirtualBox/VirtualBox.xml」がデフォルトだったと思います。
(「.VirtualBox」です。「.」がついています。)
ご自身で指定したのであれば結構なのですが、念の為に本当にその場所に存在するか・
権限は問題ないか確認してみてください。

また、「VirtualBox VMs」というフォルダはありますか？
これも特に指定しなければ「/home/user_name/VirtualBox VMs」だと思うのですが、
どこにあるか場所や中身を確認してみてください。
(LogsやSnapshots、xxx.vdi、xxx.vbox、xxx.vbox-prevなどが入っているはずです。)

下記のようなコマンドでわかることがあるかも知れませんので、ご確認ください。

$ sudo service vboxdrv status
● virtualbox.service - LSB: VirtualBox Linux kernel module
   Loaded: loaded (/etc/init.d/virtualbox; bad; vendor preset: enabled)
   Active: active (exited) since 日 2015-12-06 20:48:48 JST; 1h 30min ago
     Docs: man:systemd-sysv-generator(8)
  Process: 774 ExecStart=/etc/init.d/virtualbox start (code=exited, status=0/SUCCESS) …以下略

$ sudo dkms status
virtualbox-guest, 5.0.10, 4.2.0-1-amd64, x86_64: installed

個人的なことで恐縮ですが、「libvpx1」が無いということでvirtualboxが
起動できなくなったことがあります。
(2〜3ヶ月くらい前だったような…エラーメッセージも忘れてしまいました。
今回の件と関係あるかわかりません。。。)
libvpx1とlibvpx2のどちらが入っているのかも確認しておくと良いと思います。

追記

先ほどの投稿で「とりあえず、元に戻りました」と書きましたが、これはそもそもファイルの中身だけが消失した原因が判明していないため、再発の可能性を防止できていないというためです。
もし参考にされた方がいたならばこの点を覚えておいてください。