kazuki2655 による投稿:

何か他の設定ファイルが優先されていたりするのでしょうか？

いろいろな状況が考えられます。$home/.emacs があれば $home/.emacs.d/init.el は読み込まれません。init.el を byte-compile した（注：これはやらないほうが良い(not recommended)、とされています）場合も読まれません。詳しくはマニュアルのhttps://www.gnu.org/software/emacs/manu … #Find-Initやその up node を参照してください。
あと、init.el の最初の方に何らかのエラーがある場合、全く読み込まれていないように見えることも多々有ります。エラーログは *Messages* バッファーに残りますので起動直後にそこの内容を確かめてください。(もしファイルシステムの扱いに自信があるのなら一時的に init.el のあるファイルシステムを strictatime にして emacs の起動前後で ls -lu init.el で直接確かめるという手も有りますが....）

kazuki2655 による投稿:

Ubuntuのバージョンも多少違うのですがそういうことも関係しますか？

大いに関係します。実際、私の場合 ubuntu 12.04（と 14.04 の emacs-23)では問題なく動いていた .emacs が ubuntu 16.04 では設定内容を使おうとした時にエラーを起こすようになってしまいました。あとまだ原因がよくわからないのですが 16.04(32bit) では emacs-nox と xterm の相性が悪いという現象も経験しています。というわけで、もし、上記で解決しなければ：ubuntu のバージョン、emacs のバージョン（端末から emacs --version を実行すれば分かります）、エラーメッセージを教えてください。