Ubuntu12.04 -> 14.04 -> 16.04 と使ってきていますが、いずれのバージョンでも FirefoxやLibreOfficeなどで「そのアプリのウィンドウ全体が暗くなって入力を受け付けなくなり、しばらく待っていると正常に戻る」という現象が起こります。
「PCの性能が低いから裏でなにか一生懸命やっているとこうなるのかな」と思っていますが、改善できれば幸いです。

$ uname -a
Linux pc 4.4.0-36-generic #55-Ubuntu SMP Thu Aug 11 18:01:55 UTC 2016 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

$ cat /proc/cpuinfo
cpu family    : 15
model        : 75
model name    : AMD Athlon(tm) 64 X2 Dual Core Processor 3800+
cpu MHz        : 1000.000
cache size    : 512 KB
cpu cores    : 2


$ cat /proc/meminfo　 （Firefox, LibreCalc, terminalを開いています）
MemTotal:        1981720 kB
MemFree:           69700 kB
MemAvailable:     312600 kB
Buffers:           21772 kB
Cached:           338908 kB
SwapCached:        56628 kB
Active:          1114940 kB
Inactive:         505164 kB

2016 Oct. 01.