なかなかレスがないようなので、私の例でお応えいたします。トンチンカンであればお許しください。
”USB3.0対応のハードディスク”を使いたいとのことですが、これは”USB3.0対応の外付けハードディスク”と解釈してよろしいでしょうか？
だとするならば、特別な設定変更はなにも必要ないと思います。
私のPC（自作）の場合、USB3.0ポートにエレコムのLCH-MN2TU3TVSという”２TBの外付けハードディスク（中古品）を設定などなにもしないで
ここ１年半ぐらいストレージ用に使用しています。OSもUbuntu14.04〜現在１６．０４．１で全く問題なく使用しています。
ただ速度的にはそれほど速いとはよく分からない感じですが、不満はありません。
UEFI・BIOS時点で認識されていればそのまま普通に使用できると思います。
以上、ご参考まで。